অণুবীক্ষণ যন্ত্র মানবজাতির অন্যতম সেরা আবিষ্কার। এর উদ্ভাবনের আগে, তাদের চারপাশের জগত সম্পর্কে মানুষের ধারণা খালি চোখে সীমাবদ্ধ ছিল, বা খালি চোখে দেখতে সাহায্য করার জন্য লেন্স ধরেছিল।
অণুবীক্ষণ যন্ত্র মানবদেহ থেকে উদ্ভিদ তন্তু পর্যন্ত শত শত "নতুন" ক্ষুদ্র প্রাণী এবং উদ্ভিদের অভ্যন্তরীণ কার্যকারিতা প্রথমবারের মতো দেখে, মানুষের দৃষ্টিতে একটি সম্পূর্ণ নতুন জগত খুলে দিয়েছে। মাইক্রোস্কোপি বিজ্ঞানীদের নতুন প্রজাতি আবিষ্কার করতে সাহায্য করে এবং ডাক্তারদের রোগের চিকিৎসায় সাহায্য করে।
16 শতকের শেষের দিকে নেদারল্যান্ডসে প্রথম মাইক্রোস্কোপ তৈরি করা হয়েছিল। উদ্ভাবক ছিলেন ইয়াস জেনসেন, একজন ডাচ অপটিশিয়ান বা অন্য একজন ডাচ বিজ্ঞানী, হ্যান্স লিপস, যিনি দুটি লেন্স দিয়ে সহজ মাইক্রোস্কোপ তৈরি করেছিলেন কিন্তু এই যন্ত্রগুলির সাহায্যে কোনো গুরুত্বপূর্ণ পর্যবেক্ষণ করেননি।
দু'জন পরে বিজ্ঞানে মাইক্রোস্কোপ ব্যবহার শুরু করেন। প্রথমটি ছিলেন ইতালীয় বিজ্ঞানী গ্যালিলিও গ্যালিলি। তিনি প্রথমে একটি পোকামাকড়ের যৌগিক চোখের পরে একটি মাইক্রোস্কোপের মাধ্যমে বর্ণনা করেছিলেন। দ্বিতীয়জন ছিলেন ডাচ লিনেন ব্যবসায়ী লিউয়েনহোক (1632-1723), যিনি নিজে লেন্স তীক্ষ্ণ করতে শিখেছিলেন। প্রথমবারের মতো, তিনি খালি চোখে অদৃশ্য অনেক ক্ষুদ্র উদ্ভিদ এবং প্রাণীর বর্ণনা করেছিলেন।
1931 সালে, আর্নস্ট রুস্কা একটি ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপ তৈরি করে জীববিজ্ঞানে বিপ্লব ঘটান। এটি বিজ্ঞানীদের এক মিলিমিটারের মিলিয়নমাংশের মতো ছোট বস্তু পর্যবেক্ষণ করতে দেয়। 1986 সালে তিনি নোবেল পুরস্কার লাভ করেন।